Sebagai sosok ulama kharismatik, empat kesultanan di jazirah Moloku Kie Raha telah mengukuhkan Habib Abubakar sebagai mufti besar. Mufti merupakan sosok yang diberi amanah atau wewenang mengeluarkan fatwa dan mengenalkan dan menerapkan syariat Islam dalam suatu masyarakat mengenai usul fikh serta syariat Islam.

Saat ini Habib Abubakar melaksanakan gerakan dakwah islamiyah di beberapa kota, seperti Ternate, wilayah Jabodetabek, Makassar, Kalimantan, Surabaya, bahkan sampai ke negara tetangga Malaisya, Singapura, Brunei termasuk Timor Leste dengan ribuan jamaahnya.

Dakwahnya terkenal sangat fenomenal tanpa spanduk, baliho ataupun undangan tapi jamaah yang datang jumlahnya ribuan orang dari beragam strata dan kalangan termasuk anak sekolahan.

Bahkan Sultan Tidore H Husain Sjah ketika mengukuhkan Habib Abubakar sebagai Mufti Kesultanan mengakui ia adalah sosok yang memiliki pengetahuan agama tinggi, sederhana dan memiliki jiwa sosial. Bahkan Habib adalah sosok ulama maupun pemimpin yang tidak bisa diukur dengan materi.

Ketika dimintai tanggapan rencana pemberian gelar Doktor HC oleh UMI Makassar, Sultan yang juga anggota DPD RI langsung menyatakan dukungan karena menilai Habib Abubakar dari aspek keilmuan, dakwah dan pengabdian pada masyarakat sudah layak dan memenuhi syarat.